Né à Dunkerque en 1890 dans une famille de musiciens, Emile Bollaert obtient sa licence en droit et opte en 1913 pour l’administration qu’il rejoint comme attaché de cabinet du préfet du département du Nord. Il fait courageusement la guerre de 1914-1918 en tant qu’officier de chasseurs alpins et y gagne la légion d’honneur et cinq citations.
Entré dans la carrière préfectorale en 1919, il occupe divers postes en départements (Loire, Gers, Aube, Vaucluse, Finistère, Haute Marne, Vosges, Maine et Loire) et au cabinet d’Edouard Herriot. De 1932 à 1934, il est directeur général des Beaux-Arts. En 1934, il est préfet du Rhône où il retrouve Edouard Herriot, maire de Lyon. En septembre 1940, il refuse de prêter serment au maréchal Pétain et est révoqué. Dans la résistance sous le pseudonyme de « Beaudoin », il est nommé  par le général de Gaulle, en septembre 1943, délégué général du Comité Français de Libération Nationale auprès du Conseil National de la Résistance présidé par Georges Bidault depuis l’arrestation de Jean Moulin. Arrêté avec Pierre Brossolette après le naufrage de leur bateau près d’Audierne, il connaît les camps de Buchenwald, Dora et Bergen-Belsen tandis que Pierre Brossolette se donne la mort après avoir été torturé dans les locaux parisiens de la Gestapo. Rapatrié en 1945, il est désigné comme commissaire de la République à Strasbourg. Le 5 mars 1947, il est nommé par Paul Ramadier haut-commissaire de la République en Indochine à la suite de l’amiral Thierry d’Argenlieu. Il tente d’engager des négociations avec Hô Chi Minh qui repousse les conditions françaises d’armistice. Il offre la « liberté » (doc lap) au Vietnam, au Cambodge et au Laos, dans le cadre de l’Union Française. Il négocie par la suite avec Bao Dai lors des entretiens de la baie d’Along. En 1948, les accords de la baie d’Along reconnaissent l’indépendance du Vietnam et le droit à l’unité des trois « Ky » (Tonkin, Annam, Cochinchine) et ont pour conséquence le rétablissement de Bao Dai à la tête de l’état. Le 20 octobre 1948, Léon Pignon succède à Emile Bollaert en tant que haut-commissaire en Indochine.
De 1949 à 1960, Emile Bollaert est président de la Compagnie Nationale du Rhône.
Il meurt en mai 1978. Grand-Croix de la légion d’honneur, Compagnon de la Libération, Croix de guerre 1914-1918 et des T.O.E., Emile Bollaert est l’auteur d’un ouvrage intitulé : « Sur la voie de l’Union Française ».

Raoul Salan revient en Indochine pour prendre, à la demande d’Emile Bollaert, le commandement des troupes françaises en Indochine du nord, le 25 mai 1947. Dès le 19 mai, à Saïgon,  il est présenté au haut-commissaire par le général Valluy, commandant en chef des Forces françaises en Indochine. Il rend compte régulièrement de ses activités et de ses besoins à Emile Bollaert qui lui transmet les instructions du gouvernement. Il l’accompagne dans ses voyages au Tonkin, y compris les plus risqués pour le haut-commissaire, comme celui de mars 1948 qui les mène à Langson par la route. Début février 1948, c’est Emile Bollaert qui fait nommer Raoul Salan au commandement par intérim du corps expéditionnaire en Extrême-Orient, fonction qu’il conservera jusqu’au 10 juin de la même année. Jusqu’à sa mort, Emile Bollaert reste en excellente relation avec Raoul Salan.